摘要:
本研究主要是建構馬祖中長期發展策略。在兩岸關係對峙的年代，馬祖由於戰略地位重要，屬國防要地而受到軍事管制；再加上地理位置的孤立，經濟發展自然受到限制，使得馬祖目前在經濟及社會發展方面，不及台灣本島的大多數地區。
2008年新政府上任後，在兩岸關係持續和緩及兩岸政策更加開放下，提供馬祖新的發展契機。過去馬祖經濟發展之所以未能獲得重大突破，最重要的原因是馬祖沒有明確的定位。本研究認為在建構馬祖中長期發展策略前，若對馬祖沒有明確的定位，則仍會陷入過去的窠臼中。特別是若仍僅將馬祖視為台灣與大陸之間中轉的角色，則馬祖的經濟發展前景依舊不樂觀。
為了掌握兩岸關係發展新的契機，本研究認為馬祖的定位可由以下三個層面切入：1.發展定位：維持環境與經濟的平衡發展；2.區域定位：以馬祖作為兩岸互信合作的「先行示範區」，共創兩岸雙贏模式；3.產業定位：以觀光產業為發展軸心，善用馬祖獨特優勢、台灣資源與大陸市場，創造馬祖關鍵競爭力。
綜觀馬祖的資源與環境，馬祖應以觀光產業做為發展重心，發揮馬祖的戰地特色、閩東文化與自然景觀，帶動馬祖的產業及經濟發展，最終達到建立具有馬祖特色之「國際休閒觀光島」的目標。
整體而言，目前馬祖發展觀光業所面臨的問題為：1.土地所有權之爭議2.旅遊產品豐富度不足3.旅遊業服務品質有待提升4.交通系統不便5.生態保育觀光體系尚未完整等。
根據馬祖之定位及現階段面臨之問題，馬祖未來在發展方向上，應以「小眾市場」為主要發展目標，並將觀光產業界定為低耗能、低密度及高度文化內涵之產業。因此本計畫建議將馬祖觀光產業定位於島嶼生態旅遊及心靈健康度假二大主力業態，以營造馬祖成為友善離島家園，家居遊玩皆適宜之休閒島嶼。
根據前述馬祖定位及發展方向，本研究研擬出馬祖在短、中、長期發展策略。其中短期策略(2010年)著重在既有基礎設施之強化，包括機場飛安設施的改善、港埠設施強化以及加強各島之道路建設。中期策略(2012年)則著重在觀光能量的提升，包括觀光人才之培育、整合觀光資源以及解決土地產權問題；特別是未來馬祖觀光是以深度旅遊為主，所以在相關旅遊專業人才的培育上更為重要。至於長期(2016年)策略則是打造馬祖成為生態及心靈旅遊勝地，除了確立馬祖環境保護之重要外，更應吸引宗教及醫療等團體於馬祖設立健康或心靈修息中心。
最後在修法建議方面，未來促進馬祖發展主要應修訂離島建設條例，以解決土地返還及都市計劃用地之爭議；另外需修訂之法規則主要是以鬆綁現行對大陸人民赴馬祖旅遊之限制為主。