摘要:
長期以來，我國對台日交流是基於雙邊的角度加以構思和推動，但是未來我國或許可以有更寬廣和多元的推動方式，這與我國內外環境的改變有關。就內部環境而言，政府組織再造方案使我國必須藉此以更有系統性的思考、規劃與作法來推動台日交流。就外部環境而言，兩岸新局和日本本身的經濟發展因素也創造一些新的可能性。
首先，就內部環境來看，由於政府組織再造後，科技部新增推動科技創新及應用科技研究的職掌，這個新職掌也可能會牽涉國際交流合作，而且目前國科會與技術處同時支持「台日科技交流與合作計畫」，故科技部和經濟及能源部未來宜加強台日交流的協調與整合。為此，科技部和經濟及能源部除了可在科技會報進行跨部會的協調之外，並應積極利用次長所主持的「科專全球創新連結策略會議」進行細部的溝通與整合。
另外，從經濟及能源部所負責的產業政策或產業創新施政而言，國際合作，包括兩岸交流、台日合作等應是重要的手段，必須將國際合作的對象、作法、合作重點放入產業政策或產業創新發展策略的脈絡加以評估和推動。因此，我國在推動台日合作時，必須思考台日交流合作與其他重要政策間（如兩岸搭橋專案、乃至於智財佈局等）的關連性，並就此區分台日交流合作的策略性功能的項目/領域與相對較一般性的台日交流合作活動。所以，從兩岸搭橋專案、乃至於智財佈局等重要政策的脈絡探討台日交流合作的策略性功能的項目/領域仍將是產業技術司的重要課題。 經濟及能源部也將面對《產業創新條例》第二十一條如何落實的問題。《產業創新條例》第二十一條責成各中央目的事業主管機關未來在推動國外投資或技術合作之協助及輔導時，對於輔導之對象可能需要有較多元的考量，並非完全以研發法人機構為主。因此經濟及能源部未來對國外投資或技術合作之協助及輔導，可能需要有系統性的思考、規劃與作法。未來是否需要透過科專計畫架構的調整，建立廠商可以實質參與的國際（產業科技）合作計畫或機制，將是經濟及能源部和產業技術 司必須面對的課題。
不過，單就台日交流合作來看，兩國在（中央）官方層次要達成類似在EU 的架構計畫和台紐雙邊合作計畫的合作協議並不容易，因為外交的敏感性考量。但是，參考東北亞地區現有的「泛黃海經濟技術交流會」（官方）和「東亞經濟交流推進機構」（OEAED）（非官方）等次區域、地方層級與產業面的交流合作機制，若從地區/地方的角度推動官方或非官方型態的國際合作，甚至於形成多國的地方交流模式，或透過我國的地方政府參與這些現有的地方交流機制，應該比較容易避開外交的敏感性。因此，即便是雙邊的國際合作，我國不必要拘泥於國家的層次，而可以從地區/地方的角度推動官方或非官方型態的國際合作，並可作為未來我國推動台日交流合作的新主軸。
而且，就外部環境而言，兩岸新局和日本本身的經濟發展因素也可能進一步促成台日交流合作，日本各界也開始關注這些發展。兩岸三通與雙邊互動一個重要的意義是：周邊國家或是其他地區的跨國企業，即便志在中國大陸市場，也不必被迫需要在台灣與中國大陸間做抉擇。反之，由於台灣有一些相對的優勢，台灣反而可能成為外商進軍亞洲或中國大陸市場的重要夥伴。類似這種三邊關係的形成，也可能出現在攸關智慧財產權保護的一些產業價值鏈（如研發活動）。
事實上，不論是搭橋專案等兩岸合作、和ECFA 等兩岸新政策，並非只是著眼於兩岸的交流與合作而已，而是藉此能夠同時加強台灣與鄰近國家的雙邊關係，以強化台灣的國際鏈結。尤其，因為中國大陸等新興市場的特色不同於先進市場的遊戲規則，部分台商在中國大陸市場的耕耘經驗與文化、市場定位上的原有優勢，反使這些台商可成為日本廠商在中國大陸市場另闢戰埸的夥伴。
尤其，日本企業在東亞發展策略，將以中國大陸的「三中」為尋求成長的關鍵：中西部主要城市、中端市場和中小企業。特別是日本中小企業，在逐漸採取主動赴中國大陸發展的趨勢下，當務之急在於積極尋求外部的資源媒合與能耐延展，以便能夠執行符合三中需求的策略。而這個過程中，台灣企業是可能扮演重要的角色，且台日企業在此之業務分工會更多元，如台企在前台（品牌、通路）、日企在後台（技術、品質）等型態。
本研究並針對幾個面向提出政策建議，包括：跨部會面向、經濟及能源部內的國際合作體系與政策、和台日交流合作推動架構面向。因此，經濟及能源部未來應加強台日交流合作相關項目的系統工程機制與程序，特別是加強統籌和協調以及強化個別計畫的政策引導功能，發展多方主體參與之聯合國際研發合作計畫，動員各關係利害人參與，包括研究機構、學界、智庫、公協會、產業界與其他部會，乃至於地方政府，協同規劃、確認與執行創新需求、評估調整計畫，以利整合資源，提高效率。因此，許多水平與垂直整合的機制必須加強。