組織架構
各部門職掌如下：
| 部門 | 職掌 |
|---|---|
| 第一研究所 | 掌理中國大陸經濟之研究。 |
| 第二研究所 | 掌理國際相關經濟之研究。 |
| 第三研究所 | 掌理臺灣經濟之研究。 |
| 經濟展望中心 | 辦理經濟模型、經濟預測之研究。 |
| 財經策略中心 | 因應知識經濟時代之需要，舉辦一系列終身學習課程與學術研討會。 |
| WTO及RTA中心 | 辦理WTO及區域經濟整合(RTA)事務及議題之研究、宣傳、人才培訓及資料庫建置。 |
| 區域發展研究中心 | 進行區域經濟整合趨勢及FTA相關議題之研究 |
| 綠色經濟研究中心 | 進行綠色貿易與綠色經濟、能源、環保等相關議題之研究 |
| 南部院區 | 進行城市經濟與相關議題之研究 |
| 日本中心 | 推動台日政經、科技、學術、產業交流與合作促進業務，並進行相關議題研究。 |
| 能源與環境研究中心 | 研究能源與環境之經濟議題。 |
| 台灣東南亞國家協會研究中心 | 辦理東協事務之研究、廣宣、研討會及智庫交流等活動。 |
| 科技政策評估研究中心 | 進行科技發展與科技政策評估。 |
| 中小及新創企業研究中心 | 進行中小企業相關經濟與法規調適議題之研析 |
| 經濟法制研究中心 | 辦理與經濟、國際貿易法制及經貿自由化相關法制革新之研究。 |
| 秘書處 | 掌理秘書、議事、會計、人事、文書、事務、資產、營繕及出納等有關行政管理事宜。 |
| 圖書室 | 掌理圖書雜誌報刊之採購、保管、編目、展閱、借閱、交換及公共服務等有關事宜。 |
| 資料處理室 | 掌理研究資料之電算程式規劃及統計分析等有關事宜。 |
| 出版社 | 掌理出版品之編印、保管、發售、交換及贈與等有關事宜。 |