科技績效評估是一種手段，而非目的，其用意在於能對重大決策及科技預算分配產生決策參考與回饋的效果，故制度設計的重點應在於強化科技績效評估機制的完整性及其與預算分配、科技政策形成間的連結程度。本研究以中央層級為思考重點，強調全國科技會議四年週期與國家型科技計畫應建立評估體系，進而達到支援決策的效果。而且，這兩者都有較固定的週期並且自成體系，所以我們參考歐聯的經驗，建議以「評估週期」的方式來設計這兩者的績效評估體系。
但是，以評估週期觀之，整個評估體系的設計不應以事後的績效評估為限，反而應是混合事前科技評估、年度管考、期中評估、與期末評估，而形成了一個完整的評估體系。而且，這些評估作業彼此間可以相互支援，例如事前評估除了可以驗證計畫的重要性與預期成效外，還可作為事後評估的對照基準。而年度管考是以持續性的績效監控方式，來累積未來從事期中與期末評估的資訊基礎。
另外，我們建議利用各項評估的主要目的及所訂之閱聽者來界定他們所應包含的重要內容，如此一來，各項評估報告可以跟決策形成相當程度的連結。同時，對於評估的方式，我們依照評估的類型，分別建議評估的執行者，尤其，就期中與期末評估而言，我們建議採取外部評估的方式，以力求評估結果的客觀與公正性。事實上，從政策監督與評價的角度來看，中央政府層級面除了有賴立法院的監督能力之外，在行政體系內也須要有機制去凸顯較客觀的專業意見，以避免行政上的「寡頭政治」決策。所以，一個體系化的評估機制雖然不足以完全去除政治角力的情況，但是，應可強化決策者的決策基礎，並盡量減少純粹的政治角力。