為因應我國對日業務需求增加，及協助政府相關部門對日業務推動，本院於2003年起任務編組設立「日本中心」，積極建構臺日產官學研交流平台，並促進雙方進一步的交流與合作關係。歷年來透過科技高峰論壇、科技專題研討會、重點科技訪日團，以及特定議題研究等，有效建構臺日高階交流平台，並促進產官學研各界與日本更緊密的互動關係；同時也掌握國際政經、科技、產業發展趨勢，規劃前瞻性臺日交流合作策略，並提出政策建言。

日本是亞洲國家中技術的領先者，更是臺灣在東亞經濟分工裡非常重要的合作夥伴。近年來，全球政經情勢不斷有新的變化，包括新興國家崛起、區域經濟整合加速，以及先進國家少子高齡化發展趨勢等等，臺日加強合作的重要性更加被突顯出來。

為建構與時俱進的臺日交流與合作關係，本中心依前瞻性與即時性之原則，選定臺日特定議題進行研究，研究重點包括產業創新、技術鏈結、產學合作機制等等，研究成果並搭配各種溝通管道，加強對日宣傳與溝通，以強化臺日政經、科技、學術、產業交流成果與實質合作效益的達成。