本院於2017年在高雄設立「南部院區」，藉以響應政府「強化在地鏈結」政策，運用長期從事國家經濟政策所累積的研究與諮詢能量，協助南部區域提升當地經濟動能與加速產業升級轉型。鑑此，任務方向以驅動「地方經濟轉型」為主軸，涵蓋地方企業與產業轉型策略、推動新興產業發展，協助中央與地方政府掌握雲嘉南高屏等地區產業營運情況。同時推動區域知識共享，加強企業典範學習，創新地方經濟活力。多年來擔當南部地方公共政策研究的資源整合平台，以促成南部地區產官學研之有效交流，協助地方政府施政並驅動產業永續發展。