農業技術的商品化、事業化、產業化及國際化，牽涉的層面相當廣泛，包括技術的開發、智慧財產權的保障、工業標準規格化、試量產、功效、安全、毒理試驗，以及建置完善的價值鏈，才能達到預期的目標。有鑑於此，整合法人、業界、農委會農產試驗單位的資源，從上游的技術研發、育成服務，到中游的產業標準、試量產、安全試驗之中游發展，到下游的品牌、行銷、國際化等產業價值鏈才能克盡其功。
有鑑於此，本計畫主要目的有三：其一，探討農業科技研究院（以下簡稱農科院）成立之可行性及其未來運作方向。其二，評估「農業生物技術產業化發展方案」（以下簡稱「農生方案」）的效益及其未來發展。其三，提出農生方案和農科院分工合作之政策建議。
本計畫第一部分在於探討我國設立農科院之策略意涵，期望能釐清農科院成立後可解決的農業科技體系問題、農科院應具備的策略功能、農科院的可能設置型態，以及農科院的營運發展方向，以提供政府相關單位設置規劃農科院之參考。該部分主要研究成果包括：(1)我國農業科技體系發展之問題分析；(2)日本、荷蘭及中國大陸等主要國家農科院發展經驗分析；(3)我國農科院策略功能與設置模式之探討分析等。
第一，在我國農業科技體系發展之問題分析方面，本研究團隊透過專家實地訪談、文獻考察以及二次資料整理等方式，歸納出我國農業科技體系目前在發展上所面臨之主要問題點，包括：農業科技的保護措施不足、研發多集中於經費來源不足的公部門、政府農業科技行政管理效率有待提昇、現行的吸納人才制度不夠彈性與開放、國內科技研究資源之跨領域整合性人才不足、農業科技組織的分權及業務有待明確區分與授權、農業科技研究成果商品化與產業化思維有待強化等。因此，未來若欲成立農科院，必須思考其所扮演的角色與所應具備之功能，是否有助於解決上述若干我國農業組織及農業科技發展體系面臨的問題。特別是台灣在農業科技發展已具有深厚基礎，我國政府長年以來亦積極透過國家型計畫以及農業生技園區等方式，來推動農業科技研發成果的商品化與產業化發展，但成果仍有待加強。未來農科院成立之後，是否能夠盤點與銜接既有農業相關應用研究成果，將農業科技落實為具規模或具高附加價值的產業型態，將是最重要的任務與課題。
第二，在日本、荷蘭及中國大陸等國家的農科院發展經驗分析方面，為維持農科院運作彈性，各國農科院成立型態均採用法人化組織，不同的是荷蘭的Wageningen UR屬於財團法人組織，但日本NARO與中國大陸農科院則屬於行政法人組織，屬性介於財團法人與政府機關之間。在機構角色上，Wageningen UR的角色著重於強化教學與研究的銜接，並且垂直整合基礎研究與應用研究之功能；而NARO則側重於提升日本在地農業的技術，如種植及品種改良等技術，因此在應用研究領域橫向整合相關機構；中國大陸農科院重視農業科技質量的提升，為農業經濟發展提供有力基礎，以垂直整合農業科研機構，形成一站式創新科技研發價值鏈。再者，就各國農科院在農業技術成果轉化過程之定位而言，除日本定位為應用研究的科研機構外，荷蘭與中國大陸的農業科研機構皆涵蓋基礎研究的部分。另外，在組織營運發展方向上，Wageningen UR的發展專注於市場導向服務，不僅積極強化對市場的連結，亦參與歐盟及其他國家的研究合作，其第三方委託研究收入比重約占40%；而NARO之發展則按政策方向擬定發展規劃，增強在地農業技術研究，其政府預算占比達八成以上，第三方委託僅占不到兩成；中國農科院主要是配合國家農業發展政策，研發有利國內農業的創新技術。而這些國家發展農科院經驗對台灣的啟示，可包括：農科院在農業科技體系定位上應優先水平整合應用研究單位、政府所屬農研單位法人化是長期趨勢、第三方客戶對農科院運作漸趨重要（如：如：農委會之外的其他政府單位、民間研究機構及民間企業等）、應建構跨部會整合機制以建構創新研發與科技成果轉化體系等。
第三，在農科院策略功能與設置模式之探討分析方面，主要透過德菲法專家問卷方式來進行調查活動，以了解國內農業領域產官學界專家對農科院設置規劃之看法。本次調查問項主要參考專家訪談結果、國際經驗分析結果以及相關文獻考察結果來設定，並區分成四個部分問項，包括了「我國目前農業科技發展體系面臨的問題」、「農科院之願景與使命」、「農科院之策略功能」以及「農科院的組織型態與成立模式」等。
針對農科院設置規劃方向，本計畫亦提出下列政策建議：
（一）農科院設置規劃方向應有助於解決農業科技體系發展問題。
（二）農科院應扮演促進農業科技產業化與跨部會合作以及與國際接軌之平台角色。
（三）農科院設置初期應優先重視「促進價值共創」、「經營諮詢服務」、「應用研究與技轉連結」、「靈活調適科技環境變化」、「與地方產銷體系之連結」以及「透過產學合作培育農研人才」等策略功能。
（四）以漸進式方式調整至行政法人的組織型態、公務經費使用宜更加審慎並逐年降低。
（五）農科院研究功能（Research）與開發功能（Development）之切割與整合應有短中長期策略性規劃。
（六）依組織型態變化漸進式調整農科院的服務範圍與對象。
（七）建構農科院育成中心與農試單位育成中心之分工機制。
（八）建立常態性產學合作管道，培育即戰力型之農研管理人才。
（九）建構農業適地研究之國際合作機制。
本計畫的第二部分係在於了解及評估「農生方案」的成效。對於農生方案在102年結束以後是否繼續應可分下列三個方向討論：第一，繼續執行農生方案且維持目前的執行方式；第二，繼續執行農生方案，但整個農生方案必須進行結構型調整；第三，到102年結束後即停止。
在繼續執行農生方案的前提下（即方案Ⅰ），但整個農生方案必須進行結構型調整。經過整合多位接受訪問專家學者及業界人士的意見，認為農生方案執行近四年對台灣農業生技產業有一定程度的正面影響，但為績效更佳的前提之下，他們認為農生方案在未來如果要繼續執行，須做下列四項調整：第一，對於農生方案所有的子計畫往後必須每年執行結束前約二至三個月，以委外的方式進行評估，對於成效不佳的計畫到期即停止。若成效良好，應有持續多年執行的必要。第二，要以企業需求為主軸，而且整個方案的相關計畫必須長期且聚焦於某些特定技術或產品。第三，新的農生方案必須與農委會新成立的農業科技研究院（農科院）密切合作，甚至可納為農科院所屬的一個獨立辦公室，以進行資源整合，提升農科院的競爭力。至於如何整合資源，基於資源分工與配置效率的原則，本研究建議可將適合多年執行的基礎農生技術研究，持續委託給中研院及國內外相關研究單位或大學，廣納研發資源。對於應用型或產業化平台的推動應納入農科院，由農科院提供更好的人才與財力支援，才能達到大幅提升國內農生產業的競爭力。第四，新的農生方案應該成立一個推動小組，主要功能有四：一為此小組的功能主要是幫企業、學術和相關研發單位實現技術量產的能力；二是幫全數的產品整合通路以及品牌的構建；三是幫助業者進行專利佈局；四是對於相關可以量產化的技術或產品找出領頭羊的企業。
本計畫的第三部分旨在探討農科院及「農生方案」銜接及分工合作的建議。主要建議在於「農生方案」有其效益，但未來應進行結構調整，並分享資訊及人才流動。「農生方案」應持續聚焦進行特定領域、技術的研究，並延伸價值鏈。至於在應用型或產業業化平台應納入農科院，由農科院提供更完整的人力、技術、資金支援，以達大幅提升國內農業效率優勢的目標。