隨著兩岸經貿關係持續發展，兩岸科技交流已愈來愈頻繁，交流的範圍也愈來愈擴大，其對台灣的國家安全究竟會造成如何的影響，朝野人士都非常關切。本研究旨在探討國家安全與兩岸科技交流的關係，並深入研究，今後兩岸科技交流如果無法迴避繼續擴大的話，如何建立一套有效管理機制或管理模式，以確保國家經濟安全。
按，「國家安全」為國家生存之保障，但其概念卻極為複雜，涉及的內容也極為廣泛，舉凡領土、政治制度、傳統生活方式、主權、經濟、外交、軍事等因素，均與國家安全有關。因此，從不同角度切入，國家安全的定義有所差異。過去學者之探討，主要是延續「戰爭研究」與「戰略研究」的傳統，對國家安全的看法較著重於國防及武力使用的層面，因而，「國家安全」一詞幾乎就是指「國家軍事安全」。近些年來，伴隨國際環境的改變，學者對國家安全的研究層次，已從單純的軍事安全發展成所謂的「綜合性安全」，研究的內涵不斷擴大，並出現向下、向上、水平、垂直擴延的特徵。
「科技」是一國經濟、產業發展的根基，科技進步對一國的經濟成長具重要的推動作用。科技安全對國家安全有絕對的影響，除表現為對整個國家經濟發展、經濟競爭力的決定性作用外，還體現在軍事、政治、社會等層面上，正因為科技對國家安全、經濟安全具有如此重要的地位，世界各國無不傾全力在這方面展開激烈的攻防。
首先，各國都在科技開發方面投入巨大的資金，結合公私部門的力量進行競爭；其次，各國都會透過各種手段（包括以金錢購買到間諜竊取）爭奪科技知識（例如專利、研究成果等）；第三，科學交流、技術轉讓早已成為一種戰略武器，動輒出現在國際競爭的舞台上；第四，科技人才、科研設施已成為戰略打擊的目標，被視為對抗國戰略力量的一部份；第五，科技人才的爭奪更為激烈，各國使用各種手段招攬高科技人才：第六，各國政府紛紛制訂法規，干預技術貿易。
兩岸科技交流對台灣國家安全的影響主要表現在下列幾方面，首先是透過科學交流、技術轉移，導致兩岸科技實力的消長，例如台商到大陸投資造成技術轉移，科學交流有助於兩岸分享彼此的科研成果；其次是科技人才的流動，造成科學技術知識的轉移，譬如台灣科技人才受雇到大陸工作，以及台灣延攬大陸科技人才來台工作或從事研究；第三是專利、技術的轉讓。
從學理上探討，兩岸科技交流對台灣國家安全的影響，利弊得失並非絕對。有識之士擔心，開放製造業者到大陸設廠，將幫助對岸建立產品供應鏈、強化產業生態及群聚