本計畫主要目的在於探討「自由經濟示範區」內涵及運作，規劃方向的研究，並藉由法制作業評估及相關條文內容的研提，加速法規鬆綁、人流金流物流的流通，乃至租稅獎勵的規劃，使「示範區」第二階段可以有效運作，達成協助台灣經濟快速轉骨之目的，同時，協助進行示範區租稅優惠條文的稅式支出評估。
由於示範區類型的不同（包括中央指定、既有及新設），因此，申請機關、管理機關及收受申請者、審核者及核定者皆有所不同，本研究計畫特別在「示範事業」申請程序（§3＋§14）、「示範區」申請程序（§9+§10+§11）、「管理機關」擇定程序（§5）等部分，進行深入研析並提出建議，另外，針對租稅優惠條文部分，建議示範區內引進「避免重覆課稅」的機制，才能有效吸引外國與大陸資金投入示範區、增加外國與大陸企業和我國示範區事業的國際貿易金額，並引入高階技術來進行研發製造，與吸引高階技術人才來示範區內長期工作。
整體而言，「示範區」為台灣經濟的轉型跨出了一大步，但商業模式的強化、國內共識的凝聚、立法院特別法的通過，以及政府執行力的展現，均攸關示範區的成敗，以下提出幾點未來推動上應注意之處，供政府參考。
第一，條例應儘速通過；第二，商業模式的設計及龍頭廠商引進的設計；第三，土地、勞工問題的解決；第四，國際接軌和兩岸產業合作並重，以爭取國人支持；第五，除了製造業外，服務業的開放、自由化示範，更是「示範區」成功的精髓應加速規劃、推動，才能發揮綜效；第六，增加「示範區」數目，且中央由上而下政策與地方由下而上的規劃思考，必須密切配合；第七，中央／地方及跨部會協調；第八，時效的掌握；第九，執行力的加強。