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第一章「緒論」說明計畫背景、前期計畫重要結論、以及本期計畫工作目標與內容。第二章「土污整治費徵收正當性及問題討論」從憲法及環境行政法的角度探討土污整治費徵收的正當性問題，並且說明土污整治費如何達成特別公課之課徵正義，及點出土污基金代支整治費用之法律追償問題。第三章「成本效益分析與土污基金需求檢討規劃」利用第一期所建立的成本方法探討土污主要制度變因（污染土地再利用、健康風險管理原則、農地污染責任人追償）對土污基金需求的影響性以及各政策年程（15 至30 年）下的可能土污基金需求總額；並且利用第一期所建立的效益方法論，探討四大類污染場址整治的單位淨效益。第四章「土污整治費徵收制度修訂研析」說明土污基金支用政策目標下土污整治費的年度徵收總額，並依據國內目前主要的土水污染途徑，研擬土污整治費課費比例，以及費率可能調整方向的規劃，最後並提出土污整治費率調整的四種可能方案。第五章「土污整治費徵收與土污基金支出之經濟影響評估」則針對研擬中土污整治費徵收制度，進行收入面及支出面的可能經濟影響分析，並比較目前收費制度與新收費制度的可能產出及就業之影響。第六章「以系統動力學架構分析土壤及地下水政策成效」完成「土壤及地下水整治政策動態影響模型」之收入支出模組、成本效益模組、與經濟影響模組之模型設定，並初步以不同政策目標年數下之基金收支對環境、經濟的影響進行模擬分析。第七章「污染土地再利用政策分析與個案研究」彙整英、美、加污染土地再利用之相關個案、政策措施、以及財務誘因，作為未來國內污染土地再利用政策規劃之參考。
