本研究係承接前一年之研究基礎，進一步探討國科會改組為科技部後，因應新增之應用科技研究職能，原先以大學及研究機構為主體之基礎研究能量，如何運用台日合作機制，將之擴展至應用研究並接軌商業化的研究領域，於產業或社會上發揮更顯著的效果。去（100）年研究成果指出：可以「主題式」（非產業別）為施策重點，以新興產業發展所需的跨產業技術領域之合作主題為標的，再槓桿運用既有的產業別台日合作網絡，發展出新的合作關係。本（101）年即在此基礎上，盤點2001年以來執行學界開發產業技術計畫而設立之大學研究中心，分析其產出成果之產業影響與效果，探詢可能形成台日（或其他國合）之基礎與應用研究的主題。
根據本研究盤點結果，大學研究中心藉由執行學界開發產業技術計畫，確實累積不少基礎研究與應用研究的能量，產業化與應用潛力高的研究中心有23個，其中4個潛力極高。這些研究中心可提供未來科技部執行大小聯盟產學研究鎖定對象參考，並可規劃推動台日基礎研究與應用研究國際合作，以納入國外研究能量與企業技術產業化之銜接，有助於提升技術研發成果上市時效、發揮產業化效益。
隨後本研究並以中原大學薄膜中心為例，個案分析推動「薄膜科技」之台日基礎研究與應用研究的可能模式。研究發現國內大學研究中心既有之國際合作多停留在人員層次，但中原薄膜中心曾與日本神戶大學執行2期雙邊合作研究計畫。實際訪談中原薄膜中心發現：該中心擁有領先的技術，是雙方能夠進一步合作的關鍵。不過，日本薄膜科技應用研究多由企業進行，大學薄膜技術以基礎研究為主，且缺乏專責之薄膜研究組織，使中原薄膜中心與日本大學的合作成果，無法達成產業化效益的主要原因。對此，本研究著重於薄膜科技在台日基礎研究與應用研究的合作機制朝向計畫層次，甚至是組織層次設計，推演可能的合作模式，期望達成與當地產業界產生應用研究合作的目標，或借用日本學術界的研究能量提升台灣產業界技術能力的應用研究計畫。經分析後本研究提出四種可能的合作機制：台商中介機制、與日本大學共同執行國合計畫、平台模式Ⅰ：中原薄膜中心媒合機制、平台模式Ⅱ：聯合開發應用技術機制。對於此四種合作機制，本研究建議應依不同情境，採取適合的合作機制：
1.台商中介機制是面對日本產業在應用研究環境的排外心態之情境所規劃，因日本薄膜科技產業在應用研究尚屬於較為封閉的型態，故運用已有日本分支之台商或透過台商設立日本分支之方式，串連起與日本當地大學或企業之合作研究。
2.與日本大學共同執行國合計畫，此模式係奠基在台日雙邊國際合作的架構下，期望透過日本大學與國外大學各自申請國家的國際合作計畫，再藉由技術共同開發有利於日本廠商未來切入當地市場之用。但此模式的重點在於切入當地市場是日本願意對外合作的誘因，故此合作機制成功與否的關鍵在於台灣槓桿其他國家之內需市場。目前日本廠商對於中國大陸投資趨於保守之態度，以及東協市場興起的情境，台商在中國大陸與東協的優勢將有助此合作機制之可行性。
3.中原薄膜中心媒合之平台機制，是透過薄膜中心作為台灣廠商與日本學界間的銜接橋樑，此機制適合於中原薄膜中心在台灣薄膜技術具有領導及重要的地位，且同時能夠擁有台灣多數薄膜應用廠商的產學合作需求資訊，進而方能進一步媒合日本學界研究能量。
4.聯合開發應用技術之平台機制，適合於現階段的中原薄膜中心，因中原薄膜中心已獲得多年期經濟部推行之深耕工業基礎技術計畫，在此種綜合基礎與應用研究為一體的計畫推動過程中，會需要更多的研究需求，因此，在技術開發過程中，不論是在基礎或應用研究上，可引導入聯合開發技術之機制。此平台模式，會讓一般在規劃國際合作計畫的形式，從「單純的計畫合作」延伸成「比較多元性或系列性的計畫合作」的型態，進而可創造國際或台日研發合作更多的可能性。
最後，由中原薄膜中心的個案，我們發現研究中心擁有更高層次的技術與研究能量，方能對於日本學界或產業界產生合作之誘因。而在本研究亦分析出台灣許多大學研究中心確實有許多值得推動產學合作或台日國際合作之技術，但卻鮮為人知，且僅依靠橋接計畫或政策性支持之台日國際合作，不易衍生具產業實質影響力的成果。本研究建議若能夠協助建立『台灣各大學研究中心之技術能量平台』，對國際研究社群展現台灣各大學研究中心具有前瞻性與潛力的技術，增加這些技術之國際能見度。以利國際相關研究機構、國合推動機構（如日本JSPS或JST）可以主動橋接，較易能夠產生主動型之國際合作機會與型態。