本研究係因應我國政府組織再造，國科會將改組為科技部，新增「推動科技創新及應用科技研究」之執掌。需進一步思考如何將原先基礎研究的能量，擴展至應用研究即與產業接軌的商業化研究領域。且考慮伴隨台日關係深化，國科會在台日搭橋方案中也有其角色，即需協助我國與日本學/研單位或企業技研單位合作，共同研發技術與應用，以促成台日產業合作。另方面，日本在安倍政權下提出「日本再興戰略」，主張科學創新要解決問題，科技研發政策強調串接基礎研究與應用研究、乃至於商業化技術轉化，並應串接供應鏈上下游等。且在研發計畫執行層面，著重於強化研發機構間、不同領域（跨地理區域、跨學科領域）間研究合作，故也會推動國際合作。因此，本研究探討台日雙方在各自的科技政策布局中，可運用國合的支援措施，以供國內政策研議之參考。
本研究綜整過去兩年在台日基礎研究與應用研究之成果，並歸納今年的結論，建議台灣應利用既有台日媒合/交流平台（例如台日產業技術合作促進會）促進國際合作，並提出 5 個台日基礎研究與應用合作之可能合作模式。分別為：（1）模式一：促進新創技術產業化應用之台日合作：此模式的目的在於建構台日雙邊「多對多」、「跨國產學垂直合作」的媒合平台；（2）模式二：推動「主題式（非產業別）」的台日合作，例如智慧社區，進一步可配合日本創新政策的主軸，以課題解決為導向決定台日合作的主題；（3）模式三：固定舉辦「台日國際合作之策略與機制」研討會，瞭解雙邊國合需求、檢討現行台日國合現況，並建立雙方後續交流的機制：此模式的重點在於鎖定的對象為本身自我定位就具有產學技轉任務，或者國合資源不足的台/日學校；（4）模式四：廣宣鼓勵雙邊應用彼此的研究設施，或共同設立研發中心進行研究，以促成台日合作；（5）建置「台灣各大學研究中心之技術能量平台」或「台日學研企之技術能量平台」：主動展現台灣各大學研究中心/雙邊學研單位具有前瞻性與潛力的技術，增加技術的國際能見度，促進日本/雙邊相關單位能有主動橋接的意願。
此外，探索台歐盟合作方案，發現在推動國際合作中，除促成計畫的機制設計外，需將合作的機制向下延伸至產業化，亦是在應用合作中的重點。此外，歐盟為了本身社會導向的創新，已建構了完善的上下層結構，而且本身的歐盟架構計畫（下層結構）已對台灣廠商開放，只要進入計畫內，就能找到合作的對象以及示範應用的商機。由此作法可知，兩國的合作需要上層結構與下層結構的結合。現在的「台日合作」已建立了完善的上層結構，如台日搭橋，但缺乏下層結構（實質的計畫），建議可以與日本一起建立下層結構（包含產業化的制度建立）。