近幾十年中國大陸不單經濟高速成長，在部分科技創新領域成就亦獲得肯定與重視。同時中國大陸挾其廣大市場的優勢與國際政治影響力，吸引各國與跨國企業與其進行科技合作。特別是中國大陸因經濟改革發展，進而追求自身科技能量，強調提高自主創新能力，尤其透過國際科技合作交流，擷取海外科技成果，藉以轉化研發創新體系與強化創新能量。進而言之，中國大陸對外的科技合作，早已超越發展中國家引進先進國家成熟技術的格局。尤其為追求自主創新，中國大陸結合其經濟實力在國際科技合作的議題與議程已有相當主導權。
日本向來是台灣重要的技術與資本來源，台日合作關係早已超越生產層面，進入科技層面，且台日關係緊密且雙方產業科技互補性高。台灣在生產製造、成本控制、運籌管理、高素質人力資源，以及完整產業供應鏈網絡等方面具有優勢；日本則長期掌握半導體、光電、機械、電子等產業之上游關鍵性材料與零組件，並擁有大量研發成果專利等優勢。近年來，東亞經濟快速整合，台日經濟社會也均邁向高齡化，為有效利用中國等新興市場的活力，開拓海外商機，藉以促進經濟動能，也有賴雙方深化科技合作。具體而言，日商投資中國大陸市場，可借重台商貼近中國大陸據點的地緣關係與供應鏈優勢；台商可結合日商的品牌和產品技術優勢，在中國大陸市場開拓發展空間。另，未來台日強化科技合作，將可為台灣經濟加值，為台灣產業帶來更具競爭力的優勢。
近年考量中日科技合作交流大幅擴張，加上 ECFA 後，我方亦推動兩岸 搭橋專案與台日產業合作搭橋方案，已有形成台日中三方產業合作的雛型，進一步將擴及產業科技合作。對應此一背景，考量台日科技合作仍有進一步發展空間，本研究就以中日科技合作為分析主體，進而對台日科技合作提出建言。具體而言，本研究設訂主題如下： 1. 探討日本與中國大陸科技合作的現況發展與策略； 2. 掌握日本對中國大陸國際科技合作之運作，以及相關的管理策略模式； 3. 最後，汲取日中兩國國際合作的經驗，作為我國推動與日本進行科技合作的調整機制。
本研究比較台日與中日科技合作，主要發現彙集如下： 科技合作動機與形態方面，日本與中國大陸的外交關係是主要深化合作的基礎，官方和學術合作，區域性及多邊合作多由此展開。早期，中日科學技術合作多以技術移轉為特徵，並探索彼此的科技能量。其後，中日科技合作擴及環境保護合作。換言之，中日科技合作以技術移轉與社會公益為出發點。之後，中日科技合作擴及日本民間機構和企業，合作動機加入產業利益與掌握新興產業領域發展。台日科技合作動機方面，相對於中日科技合作在雙方外交關係的基礎下已相當穩固，甚至可以擴及三邊與多邊合作，台日因為沒有正式的外交關係，為增進彼此經貿、產業與科技交流合作，大多仰賴由民間產業力量，亦少有三邊與多邊合作空間。近年來，台日科技合作的關係已有相當的轉變，早期雙邊合作主要著眼於獲取日方的技術移轉，藉以提升我國的產業科技實力，進而加強我國的國際競爭力。隨著產業合作與民間關係的拓展，雙邊科技合作也納入學研機構，進而強化雙方的科技鏈結。
科技合作協定與機構方面，1980 年中日簽署《中日科技合作協定》後，在該協定架構下，推動多元的科技合作關係。目前負責中日官方科技合作的主要單位包括：日方的文部科學省科學技術政策研究所、獨立行政法人科學技術振興機構（JST）、獨立行政法人國際協力機構（JICA）、獨立行政法人日本學術振興會等單位。而中方則主要包括：中國科學院、國家自然科學基金委員會、科學技術部等單位。目前國科會（NSC）與日本科學技術振興機構（JST）已簽署「合作備忘錄」，推展台日雙方科技合作關係，以國科會國際合作處與 JST 國際科學技術部為對口單位，洽談台日雙方科技合作交流事宜。
中日合作基金方面，中日科技合作有三個科技合作基金的支持，在雙邊政府簽屬或是協商平台的共識基礎下設立。中日科技合作基金的「中日 NSFC-JST 合作項目」交流基金、中日韓 A3 前瞻計畫基金與中日無線與移動通訊研究共同基金。另外，中國亦發起「中國 APEC 科技合作基金」，亦有推動中日科技合作。其中，「中日無線與移動通訊研究共同基金」強調於移動通信領域的技術發展，考量到產業化與商業化能量。但目前，少有台日官方共同設置科技合作基金。
科技合作重點領域方面，近年來中日兩國進行多在節能環保、新能源、新材料、水處理基礎設施、半導體、電子器件、精密機械、防災、3G 通訊、老齡化對策等領域，中日兩國都具有合作空間。相對的，台灣與日本合作重點領域有：地震工程研究、環保、半導體、生命科學、奈米、材料、能源等少數的前瞻技術領域。
台日與中日科技合作績效分析方面，本研究以共同合著論文的趨勢，探討台日與中日合作績效，側重合作領域與網絡。透過 1990 年至 2010 年的 SCI 與 SSCI 的 20 個學門資料分別進行分析。在此 20 年間，中國大陸的國際合著論文數量逐年攀升，中日合著論文的比重亦平穩成長，其合作網絡朝多角化發展。
另一方面，以論文平均被引用次數衡量合著論文的績效，中日合著論文的被引用次數較高。就個別分類學門來看，1990 至 2010 年間，物理學、工程學、材料學、臨床醫學、分子生物遺傳學、太空科學、地球科學、毒物與藥理學、神經與行為學、動植物學、微生物學、精神與心理學、數學以及環境生態學等是中日合著論文表現較優的學門。
相對中日合作，台日合著論文的絕對數量明顯偏低，但在成長幅度較高。尤其在 2001 年後更為明顯，意味著台日科技研究連結有逐漸熱絡的趨勢。另，比較台日與中日合著論文於 20 個學門的發展趨勢及比重，在 1992-2008 年期間，物理學、臨床醫學、化學、動植物學、生物與生化學以及工程學，為台日、中日雙邊具有優勢的學門。材料學則呈現中日強台日較弱的優勢，反映台灣自日本在該學門尋求技術移轉。
雖然台日合著論文遠低於中日合著論文數量，但台日合著論文平均被引用的次數，其相對影響力較大且較有優勢。值得注意的是，於 2006-08 年間，台日合著論文在數量上成長比中日合著論文要快，但台日合著論文的品質或影響力上卻較低。
此外，於 1992-2008 年間平均被引用次數比較，可以得知物理學、微生物學、臨床醫學、太空科學以及分子生物遺傳學分佈是台日、中日雙方在上述共同發表之論文學門具有絕對優勢，平均被引用之次數亦高。長期以來，雖然「太空科學」學門是台日、中日雙方較為弱勢的學門，但 2000 年後開始有顯著的進步，未來亦可作為國際共同合作發表論文的另一領域。
本研究的主要政策建議如下：
1. 推動台日科技合作須完整涵蓋「科技合作」、「產業科技合作」以及「產業化合作」三層面。
台日科技合作可能分別涉及未來的科技部與經濟及能源部的職權，可能未來須在行政院科技會報加以協調整合。因此，台日科技合作需有系統性合作模式，整合科技合作、產業科技合作，以及多元運用基金推動產業化合作。
2. 結合台日產業合作搭橋方案，以開拓中國大陸內需市場為標的，推動台日產業技術合作。
台日產業合作搭橋方案啟動後，搭配著 ECFA 管道，或可省思改變台灣在台日雙邊合作關係定位。在於兩岸簽訂 ECFA 後，開闢進入中國大陸布局的商機，而台日的合作可發揮產業優勢互補的效益，提供中國大陸等新興市場所需商品。
3. 推動以企業為主的台日產學研 R&D 網絡計畫。
日本的科學技術研發主體是民間企業，幾乎日本大型企業都具有相當科技研發能量。因此，有必要支持以企業為主體的台日產學研 R&D 網絡，大學院校與科研機構得以間接作為台日技術合作的參與成員。合作或合資企業可向雙方研究機構進行購買專利、租借實驗研究室、研發外包等，達到運用雙方研究資源的綜效。
4. 透過城市合作共創台日中三邊科技合作鏈結。
ECFA 後，結合兩岸與台日產業合作搭橋方案，台灣有機會利用中國大陸市場與區位優勢，在科技合作項目上吸引日本進行合作，同時強化吸引中國大陸與台灣合作。另外，台日產業均面臨韓國的競爭壓力，或可爭取與中國大陸的科技合作，形成台日中三方的科技合作網絡。考量台灣一時難以開拓國際空間，我國或可選擇具有特定科技合作能量的日本與中國地方建立國際合作關係，台灣可藉此機會爭取跨國多邊合作的契機。
5. 運用實習制度引進日本人才來台。
預期，中日科技合作將更加強化人才互動的趨勢發展，並活化中日人才交流循環。對我國而言，台日科技合作除強化人才交流外，亦須思考積極引進日本人才。為此，或可持續鼓勵台日大學間的交流。例如，雙邊的大學、企業與研發機構可以共同建立實習制度，強化雙邊學生的參與交流，有助於吸引日本人才。
6. 有效運用國家實驗研究院的民間法人地位與能量，或可建立交流與共同研發的基金設計，推動對日合作。
自 2003 年 6 月起，原隸屬於行政院國家科學委員會之國家實驗室改組為財團法人國家實驗研究院。目前為止，已經促成兩項合作協議：「儀科中心與日本大阪大學先進光電研究中心合作協議」，以及「國網中心與日本國家資訊研究所合作協議」。國科會或可在績效評估指標中，加入國際合作層面，藉以鼓勵國家實驗研究院擴大對日合作。目前台日之間並未設立交流與共同研發的科研基金，或可運用國家實驗研究院的名義與日本相對單位合作設立科研基金用於推動台日科技合作。